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保健環境センターでは所長、次長（2名）以下、 7部構成、計 44名の職員で業務を行っている。
| 総務部 | 3名（兼務 1名）、臨時補助員 1名 |
| 企画情報部 | 5名（兼務 1名）、嘱託員 1名 |
| 微生物部 | 6名、臨時補助員 1名 |
| 食品薬品部 | 9名 |
| 化学部 | 5名 |
| 水環境部 | 6名 |
| 大気環境部 | 5名、嘱託員 1名 |
保健環境行政の科学的・技術的中核機関として、関係行政機関と緊密な連携のもとに、保健環境行政が科学的基盤を持った諸施策を進めるために必要とする次の項目を主に行っている。
公印の保管、職員の服務、文書の収受、発送、編集及び保存、予算、決算及び会計事務、物品の出納保管、県有財産の維持管理
調査研究に係る総合的な企画及び調整、保健・環境情報の収集、管理、解析及び提供、健康事象に関する疫学的調査研究、環境学習、関係機関・団体等職員に対する研修指導、環境マネジメントシステム、所内電算システムの管理
感染症予防及び疫学調査研究、病原性微生物の試験検査、血清学的検査、病理組織検査等臨床検査
食品衛生に係る調査研究、食品衛生に係る調査研究、食品及び家庭用品の試験検査、薬品及び衛生材料の試験検査、臨床化学試験
生活環境に係る調査研究、産業廃棄物及び生活衛生に係る試験検査、土壌汚染に係る試験検査及び調査研究、地盤沈下に係る調査研究
水質汚濁に係る試験検査及び調査研究、水質汚濁に係る公害防止施設及び処理方法の調査研究、飲料水及び上下水道水の試験検査、温泉鉱泉水の試験検査
大気汚染に係る試験検査及び調査研究、大気汚染に係る分析試験方法の調査研究、騒音振動悪臭に係る試験検査、環境放射能水準調査